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第二章 臺灣生物多樣性之現況
第四節 生物多樣性面臨之課題
臺灣擁有豐富的生物多樣性資源，但在戰後五十年全力追求經濟成長的政策下，儘管創造了臺灣經濟奇蹟，但由於資源永續利用觀念的不足，加上長期缺乏積極的環境維護政策與行動的配合，使得自然環境嚴重地惡化。因此許多人已逐漸意識到在發展經濟成長的同時，更應注重於環境的維護，保育生物多樣性，以使自然資源可以永續被利用。而臺灣當前在推動生物多樣性所面臨之課題主要重點分述如下：
一、生物多樣性國家機制亟需整合
我國推動生物多樣性工作目前尚處於準備階段，1995年行政院首度針對國際生物多樣性公約的發展組成指導小組提出初步的因應對策，後即交由農委會研擬《生物多樣性國家報告》，農委會雖曾陸續提出相關計畫，並且呼籲將生物多樣性納入國家整體發展政策，但因為國家機制尚未整合，相關部會針對此一議題沒有共識，推動生物多樣性工作的執行單位仍僅限於農委會等少數業務單位。然而要落實生物多樣性的永續保育利用，不僅需納入法規制度，更必須透過政策的引導，將之具體實踐在政府相關的施政當中，因此本工作實有必要在行政架構中提升層級，並成立常設性的組織，以達成生物多樣性的永續目標。
生物多樣性議題的出現肇因於人類活動對自然生態系的衝擊與威脅，而國家往往在其中扮演加劇其傷害的角色，特別是當政府施政以追求經濟成長為目標時，這種情況更是特別顯著。因此，要推動生物多樣性工作的落實，勢必從整合國家機制著手，而此機制所擴及之層面應包含法律、制度、經濟、教育、科技等方面，否則僅由一弱勢部會來單獨推動，不僅將使政府資源因為相互排斥而形成浪費，而且各部門各行其事只有事倍功半，甚至徒具形式。
二、生物多樣性之管理架構鬆散
由於政府長期以來致力於推動經濟建設的發展，對於自然生態資源的保護與現有生物多樣性系統的掌握相當忽略，因此在推動各項政策時，往往造成對自然生態系的衝擊與破壞。在現有的法規架構下，雖然劃設有各級保育或保護區，但是否能夠達成保育或保護的目的，則有待進一步評估。究其原因在於現有的保護區域系統所採取的是消極措施，也就是在劃設之前，並沒有詳細調查該區域所擁有的資源，而在劃設之後，也沒有進一步以積極的態度從事自然生態系的就地保育，甚至對於已經劣化的環境或是正在劣化的環境，亦沒有依破壞之嚴重性擬定保育策略及訂出可容許的經營程度。
除保護區內的生態系，針對非保護區內的生物之管理，也需進一步釐清與落實。當生物被移出原來的生長環境，而改以人工飼養，如何改善並加強移入地（如動、植物園、水族館等）的保育功能與相互之聯繫，是推動生物多樣性工作必須關注的重點之一。此外，近年來臺灣不斷傳出家禽家畜爆發疫情的問題，顯示管理層面出現相當的缺失，而坊間不時興起的寵物飼養熱潮，可能帶來的外來種的侵害，其結果將危急其種源安全與保育，更是管理體系亟需彌補加強的縫隙。
三、生物多樣性之研究與資訊未有效整合
我國關於生物資源的調查，目前仍處於個別以及短期的個案研究，雖然有不少學術機構或民間社團投入生物資源的調查，但是因為往往受限於資源與資訊的不足，以及整合性的缺乏，而使得基礎調查無法完整。至於政府部門則因為人力編制所限，故多以委外的方式委託學術單位進行研究，但因為各部會之間對其所管理的範疇認知或需求不同，因此仍不足以成為生物資源調查的基礎資料。況且這種個案發包式的研究計畫，缺乏長期監控的穩定性，難以構成完整的生物資源監測系統。
生物多樣性為一跨領域的整合性學門，但由於各部會所著重發展的業務不同，因此極有可能出現不相容甚至產生對生物多樣性造成破壞的負面結果；而生物技術的研發未必都有利於生物多樣性的維護，因此如何有效地避免生物科技相關研究對生物多樣性的衝擊，亦為目前亟需正視的課題。
四、生物多樣性教育及民眾參與的不足
國際間對於生物多樣性的重視，不過是晚近十年內的事情，我國目前亦處於啟蒙階段，有鑑於保育生物多樣性係人類得以持續生存發展的基礎，因此有必要加強相關工作的推行。而生物多樣性工作要落實推動，勢必需要更多人的參與，然而目前國人對於生物多樣性的內涵相當陌生，甚至連相關職掌的政府部門亦對其缺乏瞭解，在這種情況之下，如何推動並且落實生物多樣性工作將是一大考驗。
另一方面，生物多樣性並非一門全然新興的學科，有絕大部份是將傳統相關知識系統化的結果，因為有現代文明對自然生態的破壞，才產生了重視生物多樣性的呼籲，以往為規範文明所衍生的衝突，優勢者往往會採取強制性的方式企圖解決，但這種本位的思考往往忽視甚至侵害了原住民的生存權利以及發展機會，對於原住民與自然生態所建立的和諧關係亦造成改變。因此在進行生物多樣性工作的同時，如何融合傳統既有的相關知識，並且尊重原住民族群所形成的體系，是維護生物多樣性的基本態度。
五、生物多樣性工作之連結仍薄弱
由於生物多樣性工作屬綜合性事務，內容廣泛且涉及的層級眾多，彼此間的聯繫協調極為不易。加上各單位任務的不同，常常不僅無法共同推動生物多樣性工作，有時甚至彼此干擾而造成障礙，形成開發與保育工作間的衝突。此外，近年來民間保育意識提昇，各種以保育自然生態環境為宗旨的民間組織紛紛成立，這些團體之中，有些是以分享對自然生態的愛好為目的，有些則針對破壞自然生態環境的各種行為採取保育行動。這些民間團體都是生物多樣性工作的認同者甚至推動者，但卻常因未完全認同政府政策而導致兩者之間無法合作，或處於完全敵對的狀況，此皆嚴重降低推動生物多樣性工作之成效。因此如何協調我國各級政府、非政府組織、學術機構、團體及個人，就維護生物多樣性有關的資訊、技術進行多邊的聯繫與交流，為現階段推動生物多樣性工作之重點議題。