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第二章 臺灣生物多樣性之現況
第一節 自然環境
一、物理環境
臺灣島西臨臺灣海峽，與中國大陸的福建省相望；海峽的寬度介於130公里與250多公里之間，平均寬度約200公里。島嶼的縱軸介於東經120°與122°之間，北迴歸線通過島嶼中部；南北長（約400公里）、東西窄（最寬處僅140公里），面積約36,000平方公里。
臺灣除本島外還有85個島嶼，包括分布在四周海域的21座離島以及澎湖群島，後者由64座大小面積不等的小島所構成。就相對位置來說，這些島嶼都分布在亞洲大陸的大陸棚邊緣。
(一)地質與地形
臺灣位於太平洋海底地塊與歐亞大陸地塊分界線上的花彩列島中央，而花彩列島是地球上綿延最長的一串火山島嶼。臺灣本島東岸受到菲律賓海塊往西北方的推擠，劇烈而持續的板塊活動造成臺灣島嶼地盤極不穩定的環境：頻繁的地震（每年超過上萬次）造成起伏極大（最高峰近4,000公尺）的高山群；坡度極陡（山區平均坡度30°）造成短促而急湍水系；每年地盤快速被抬升(有些可高達5公分)。這個特殊的地質作用，也是臺灣島嶼之自然地表沖蝕率高的部份因素。臺灣因受到其東部之菲律賓海塊向西北推擠的巨大壓力，除了島東急速抬升為高山峻嶺外，整個地盤還向西傾斜。西部地區的地層為第三紀的海相沈積，屬於新生代岩層；東側在海塊不斷向西北擠壓下，造山運動劇烈，形成縱列山脈，岩層變質，屬中生代地質物。火山作用的遺跡出現在島嶼的北部局部地區，主要為安山岩質組成。
臺灣本島與大陸之間的海峽深度一般在200公尺以內，大部份區域之水深不及60公尺。而東側緊鄰菲律賓海塊，受其擠壓之影響，海床離岸不到十公里即驟降至1,000公尺，在數十公里的短距離內就續降至3,000∼5,000公尺，故東西兩岸的海洋環境相差極巨。西岸有許多平原、砂洲、淺灘、潟湖、砂丘和海埔地等地形，而東岸則為聳直的岩石崖岸。
臺灣本島是一個地質年代甚輕的褶皺山脈地區，區內高山疊起，形成一個高山島，山脈的走向與島的延長方向近乎平行；中央脊樑山脈分布在本島中央偏東的位置。而東西兩岸水平距離140公里中，其海拔高度則從海平面上升至3,950公尺，超過2,500公尺以上的高山達200多座，其平均坡度達14°40'，平均每平方公里的相對高度是312公尺。山地面積佔全島總面積約30％，丘陵地約佔40％，平地約佔30％，形成多高山少平地、地形崎嶇多變的地景系統。
(二)氣候
臺灣全島屬亞洲季風區，中部有北迴歸線通過，因此兼具亞熱帶和熱帶海洋性氣候。由於島內山巒起伏，垂直海拔高幾可達四千公尺，故亦形成熱帶、溫帶、寒帶氣候的垂直分布。臺灣氣候高溫而潮濕，平地的年均溫為22℃，山區則氣溫除隨季節變動外，亦受海拔的影響；年平均雨量雖然約為2,500公釐，但由於受到每年颱風與季風的影響，各地年雨量變異極大。冬季受東北季風的影響，北部多陰雨，而中南部地區則為乾季。北部因局部強風豪雨，加上快速的地盤上升、頻繁地震，土壤沖蝕和山洪暴發益形快速。全島年雨量約有七成集中於夏季颱風月份，例如1996年賀伯颱風來襲時，阿里山地區的二十四小時降雨量為1,700公釐。
(三)水文
集中的豪雨、短促的河川，及破碎的地層造成湖泊少、河川短的特色，此外，森林約佔全島的60％，這些因素調控著臺灣本島的水文現象與循環。
臺灣全島重要河川共151條，其中主要河川19條，次要河川32條，普通河川100條。最長的河川（濁水溪）長僅186公里，而河床之比降大約1：5，逕流比（溪流量/降水量）大，可高至70％。河流以東西流向為主。臺灣島西坡河川較東坡長，但一般來說仍屬流短坡陡、水流湍急的急流性河川。豪雨時流量及輸砂量驚人;乾季時則流量枯小，甚至轉為伏流河川。因為湖泊少、河川儲水量低，用水量中有三成來自地下水，有二成六來自水庫，此兩者對水域生態系造成莫大壓力。
(四)海域水文及底質地形構造
黑潮主流由南向北通過臺灣東邊，因宜蘭外邊之蘇澳海脊阻隔，流經彭佳嶼後彎曲朝東北向流去，為我國近海漁業帶來鮪、鰹、旗、鬼頭刀等大洋暖水性之中表層魚種。黑潮支流遇到東黃海陸棚邊緣及澎湖南端陸棚邊緣之200公尺等深線而產生之湧昇流區，帶來鯖、隥、鎖管及碯等浮魚。另一支流經巴士海峽進入臺灣海峽北上，秋冬有南向的大陸沿岸流流入臺灣海峽，在沿岸交衝形成明顯的潮境區，也帶來東海、黃海之暖溫性洄游魚種；春夏則西南季風促使支流加強，而與退縮之大陸沿岸流在本省東北部交衝，除使南海熱帶性魚種得已向北洄游至海峽外，更由於臺灣西部海域潮差大，又有河川之注入，帶來大量有機物質，形成河口潮境區濕地及潮間帶，並由於地處北迴歸線兩側，氣候溫和，水溫高，成為許多魚類之產卵、孵化及成育之場所。此外，臺灣週邊水域散布著許多天然礁及河川沖積之沙底、岩底、石塊、沙泥底等，加上東部、南部岸峻水深，由西南向東北走向之200公尺等深隆起之臺灣淺堆，東港海溝及東北角西北走向之海溝外，均為平坦之臺灣海峽，使臺灣沿岸之海洋構造，海底地形底質均較海峽之其他部分特殊而複雜，因此除了上述之表層洄游性魚類外，也有珊瑚礁生態區、砂泥底之底棲生態區、岩石底棲生態區等，除有地方種群、大洋洄游性種群，也有南北洄游之種群，魚類相呈現多種多樣之分布特性。