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第三章 生物多樣性國家整體目標、實施策略、具體行動方案
第二節 臺灣生物多樣性的實施策略
拫據上述之國家推動生物多樣性國家整體目標，研擬出下列合乎國情及未來發展所需之臺灣生物多樣性的實施策略五大重點如下：
一、健全生物多樣性工作之國家機制：
生物多樣性推動的工作是全球的新趨勢。配合這樣的潮流，必須有新的作法，而這些新的作法，必須建立在新的法源、政策和組織上。目前的國家經建計畫與國土規畫並未考慮生物多樣性，而經建計畫主宰我國的整體發展，如能將生物多樣性納入經建計畫與國土規畫，才有可能減緩生物多樣性喪失的速率，並永續使用生物多樣性。此外，若要保育並永續使用生物多樣性，必須有財務機制的奧援。
二、強化生物多樣性之管理：
不恰當的經營管理會導致生物多樣性的劣化。生物多樣性工作策略的內容，在保育上基本分為就地保育、移地保育和復育，藉以確保國內的生物多樣性不致淪喪。其中就地保育的部分，除需檢討現有之各類保護區的效益外，亦需將尚未被規劃為保護區，但具有豐富生物多樣性或特殊生態系的自然環境納入考量。而在社會經濟與永續利用方面，生物資源的提供者和使用者必須能公平分享由資源所衍生的利益，才能確保生物資源的永續使用。
《生物安全議定書》管制改性活生物體（LMO）之越境轉移的安全問題，我國在可見的未來無法成為其會員國，亦無法獲得議定書的保障，因此只有透過訂定國內法來約束輸入的改性活生物體，而在改性活生物體進入環境之前，必須就其風險加以評估，並給予適當的管制。外來種是另一個嚴重的生態問題，它對生物多樣性造成很大的衝擊，必須妥善管理。
三、加強生物多樣性研究與資訊交流
生物多樣性保育分為三個元素，即保存（save）、使用（use）及研究（study）。欲保有生物多樣性、減緩生物多樣性的喪失，需要更加了解生物多樣性在生態系中的角色及其對人類的重要性；而要永續使用生物多樣性，亦需將傳統和現代的知識應用在生物多樣性和生物資源研究上。傳統的生物技術（例如動植物選育，利用微生物發酵製酒、做麵包、乳酪等等）和現代生物技術（例如組織培養、細胞融合、重組DNA技術等）在農業、工業和廢物處理上都有廣泛的應用。雖然生物技術並非沒有風險（見上），必須加以管理，但是我們仍應鼓勵生物技術的發展，以便利用新的科技保障生物多樣性。國內有關生物多樣性工作的資訊分散於多處，這些零散的資訊不一定要集中，但應建立網絡，以便相關人士獲取資料；促進資訊的交流當然有助於生物多樣性的工作。
四、加強生物多樣性之教育、訓練與落實全民參與
無論是推動生物多樣性工作或其所需的鑑定、監測、技術開發、技術轉移、就地和移地保育的管理能力，都涉及人才的培訓，而啟發公眾對生物多樣性保育的意識，則需透過教育推廣的工作和各式各樣的廣宣。要真正落實生物多樣性的工作，需要全民的參與，傳統知識雖有別於現代的科學知識，但在生物多樣性工作上，兩者的重要性無分軒輊，唯有尊重、保存這些傳統知識，我們才能更有效率的運用它們。此外，將生物多樣性納入現在的社區總體營造、鼓勵非政府組織參與生物多樣性工作，都是落實全民參與的做法。
五、促進國內、外生物多樣性工作之夥伴關係
生物多樣性不是單一部門的工作，公部門、私部門、產官學者都要彼此合作，協調，共同參與。不過國內各部會、公私部門間的橫向聯繫不足，協調困難，這些都是推動生物多樣性工作的障礙，必須加以改善。另外，生物多樣性工作的跨國合作也是國際趨勢，我們可以透過雙邊和多邊的國際關係，在區域和國際間為生物多樣性工作做出貢獻，以爭取我國及全人類的福祉。
前述臺灣生物多樣性之實施策略上的五大重點，說明為了達成生物多樣性工作之推動，必需以下的詳細實施策略：
1.健全生物多樣性工作之國家機制
1.1修訂生物多樣性工作之法規與政策
1.2健全生物多樣性工作之政府組織
1.3將生物多樣性工作納入國家經建與國土規劃
1.4建立生物多樣性工作之財務機制（誘因）
2.強化生物多樣性之管理
2.1檢討及整合現有的自然保護區域(就地保育)
2.2復育劣化的環境
2.3移地保育
2.4保障生物資源及其衍生利益之公平分享
2.5推動生物安全的管理
2.6杜絕外來種之侵害
3.加強生物多樣性研究與資訊交換
3.1加強生物多樣性之研究，掌握生物多樣性之現況與變遷
3.2發展有益於生物多樣性工作之生物技術
3.3建構國家生物多樣性資訊網，促進資訊交流
4.加強生物多樣性教育推廣與落實全民參與
4.1培訓生物多樣性工作之人才
4.2推動生物多樣性工作之全民教育與廣宣
4.3尊重、保存、運用與生物多樣性工作相關之傳統知識
4.4推動社區與非政府組織參與生物多樣性的調查、維護與永續利用
5.促進國內外生物多樣性工作之夥伴關係
5.1改善國內夥伴關係
5.2擴大國際合作